مرفاوی در دوران حضور فوتبالی‌اش در ایران بارها در تیم‌های مختلفی از جمله نیروی‌زمینی٬دارایی٬استقل ل٬بهمن و در خارج از ایران تیم‌های الکویت و تیونگ بارو توپ زد.
آخرین فصل حضورش در دارایی تهران، یعنی در فصل ۱۳۶۷ مسابقات باشگاه‌های تهران، در دیدار بین تیم‌های دارایی و استقلال که بر سر مقام نایب قهرمانی در جدال بودند، ۲ گل وارد دروازه استقلال کرد تا دارایی ۳–۰ استقلال را شکست دهد.
در فصل بعد به استقلال پیوست و ظرف ۶ سال حضورش در این تیم جام‌های مختلفی را کسب کرد. مهترین گل‌های او برای استقلال گل قهرمانی استقلال در دیدار نهایی جام باشگاه‌های ایران (لیگ قدس) در سال ۱۳۶۹ در برابر پرسپولیس، گل قهرمانی استقلال در یدار نهایی جام باشگاه‌های آسیا (۱۹۹۱) در برابر لیائونینگ چین، و دو گل به برق شیراز در بازی رفت فینال جام حذفی ایران در سال ۱۳۷۵ بود. ضمن اینکه در سال‌های ۶۹، ۷۰، و ۷۱ با پیراهن استقلال ۳ گل با ضربه سر وارد دروازه پرسپولیس کرد.
او سومین بازیکن سال آسیا در سال ۱۹۹۱ شد.