باشگاه فوتبال اکباتان در سال ۱۳۵۵ به دست شخصی به نام گلزار که یکی از مهندسان سازنده شهرک اکباتان بود بنیانگذاری شد. اکباتان توانست بازیکنانی مانند ابراهیم آشتیانی، فریدون معینی و جهانگیر فتاحی را از پرسپولیس، هادی آهنگران را از برق شیراز و بهرام مودت را از سپاهان خریداری کند. اکباتان در سال ۱۳۵۶، به جام تخت جمشید ۱۳۵۷ صعود کرد، اما با وقوع انقلاب و تعطیلی چند ساله لیگ‌های کشوری در پی جنگ ایران و عراق، این تیم شانس حضور در بالاترین دسته لیگ فوتبال ایران را از دست داد. پس از انقلاب اکباتان به کار خود در جام باشگاه‌های تهران ادامه داد و در سال ۱۳۶۱ نیز سوم شد. آنان در سال ۱۳۶۸ امتیاز خود را به بانک سپه و جواد قراب فروختند.
در دهه ۱۳۸۰، باشگاه با تلاش ابراهیم ربطی و مجيد غني بازگشایی شد و تا سال ۱۳۸۶ در لیگ دسته اول فوتبال ایران حاضر بود.