در سال ۱۳۶۸ گروه خودروسازی سایپا تصمیم به تشکیل یک تیم فوتبال گرفت و با خرید امتیاز یک تیم از دسته چهارم تهران به نام شهید عباسی کار خود را شروع کرد. مسئولین وقت تیم اعتقاد به رشد و ترقی داشتند، بنا بر این کار خود را از رده‌های پایین شروع کردند.
یک سال بعد سایپا به دسته سوم و در سال ۱۳۷۰ نیز به دسته دوم تهران راه یافت ولی نتوانست به دسته اول صعود کند. اما انحلال تیم کشتیرانی صعود کرده به دسته اول باعث شد تا تیم نارنجی پوش سایپا سال ۱۳۷۱ را در دسته یک سپری کند. سایپا قهرمان دسته اول تهران شد و با قهرمانی در سوپر جام تهران جواز صعود به لیگ را به دست آورد.
در فصل ۷۲ سایپا با استفاده از ضعف حریفان در میان تعجب همگان قهرمان لیگ شد و در همان سال نیز جام حذفی را به خانه بردند. این برای اولین بار در تاریخ فوتبال ایران بود که یک تیم فاتح هر دو جام کشور می‌شد. سال بعد در مسابقات قهرمانی آسیا، در دور اول حذف شد اما قهرمانی خود را در لیگ تکرار کرد.
در فصل ۷۴ در باشگاه دو دستگی ایجاد شد و این اختلافات باعث جدایی مدیر و سر مربی موفق این تیم یعنی دادرس و ذوالفقار نسب شد. این در حالی بود که سایپا در جام باشگاه‌های آسیا به جمع چهار تیم راه یافته بود اما در لیگ داخلی در رده‌های پایین دست و پا می‌زد. سرانجام سایپا در جام باشگاه‌های آسیا چهارم شد و در لیگ داخلی نیز به دسته دوم سقوط کرد. در فصل ۷۵ با تیمی جدید به دسته اول بازگشت و تا به امروز در سطح اول فوتبال کشور حاضر بوده‌است. درفصل ۸۲–۸۱ در لیگ برتر سیزدهم، در ۸۳–۸۲ ششم و در ۸۴–۸۳ نیز سیزدهم شدند و در فصل ۸۵–۸۶ قهرمان لیگ برتر فوتبال ایران شد. رنگ لباس باشگاه پیراهن نارنجی، شورت مشکی و جوراب نارنجی است.